1、逆转录病毒/噬菌体，整合部分基因组到宿主中，对宿主进行de novo测序时可能测得部分病毒序列。其他病毒，如果有polyA，可以测mRNA的时候测到病毒基因组。如果目的就是测病毒，建议直接准备样品送公司做病毒测序。
2、CHIRP-Seq（ Chromatin Isolation by RNA Purification ）是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白的高通量测序方法。
3、分析的目标区域有所不同。外显子捕获测序只针对基因组上已知的编码区，而转录组测序不仅针对基因组上已知的编码区，还能够检测非编码RNA等转录组的信息。外显子捕获测序只需要把测序结果比对基因组，分析序列差异。转录组测序既可以把测序结果比对基因组，也可以进行从头（deNovo）拼接。
1、de novo assembly是新的基因组装配，（de novo 的意思是全新，assembly是序列拼接），即在没有参考序列的情况下进行序列拼接，对未知基因组序列进行测序，利用生物信息学分析手段，对序列进行拼接、组装，从而获得其基因组的图谱。
2、分子生物学相关的实验，我做的不多，只是会简单的DNA和RNA提取，跑q，基因克隆等有限的技术。 目前，主要还是以生物信息学为主。
3、【答案】：denovo测序也称为从头测序：其不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序，利用生物信息（bioinformation）学分析手段对序列进行拼接，组装，从而获得该物种的基因组图谱。获得一个物种的全基因组序列是加快对此物种了解的重要捷径。
4、isotig：一个isotig可视为一个转录本，无参考基因组测序，需要自己对测序结果进行拼接和组装。
5、测序报告中的数据通常包含公司提供的GO号，但你也可以自己动手：若无参考基因组，可通过Blast2go获取unigene的GO注解，教程请参考[此处添加链接]；如果有参考基因组，可以从GO官网或Biomart下载，论坛上也能找到相关教程（OmicShare Forum）。结果解读的艺术 通过分析，你将获得深入的洞见。
1、年5月，Nature Communications发表了一篇蚯蚓基因组组装结合10x Genomics单细胞转录组测序探究蚯蚓再生机制的文章。
2、如果你不知道tSNE是什么，它是如何工作的，也没有读过2008年的革命性的van der Maaten & Hinton原稿，可以参考我的那文章 10X单细胞（10X空间转录组）降维分析之tSNE（算法基础知识） 。尽管tSNE对一般的单细胞基因组学和数据科学产生了巨大的影响，但人们普遍认为它有一些缺点，这些缺点很快将得到解决。
3、现在的 10X 空间转录组 和 Slide-Seq 都是用的barcoding来标记RNA，从而记录空间信息。不过，现在的空间转录组很多分辨率并没有达到单细胞的水平，这也是一个比较麻烦的地方。 In situ transcriptomics用的是另一种思路，即单分子荧光原位杂交。
